跨膜区即蛋白质序列中跨越细胞膜的区域，通常为α-螺旋结构，约20~25个氨基酸残基，构成跨膜区蛋白的氨基酸大部分是疏水性氨基酸。
对序列进行跨膜区预测是十分必要的。通常，膜蛋白不能在原核表达系统中表达，如果对序列进行跨膜区预测发现序列中存在跨膜区，则在后续需要选择真核表达系统进行表达；如果想利用原核表达系统进行表达，需要对跨膜区序列进行敲除。
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跨膜区预测结果中有三个值：Inside、Outside、Transmembrane。
Inside表示胞内区，inside数值越大，表示该氨基酸位于胞内区的可能性越大；
Outside表示胞外区，outside数值越大，表示该氨基酸位于胞外区的可能性越大。
Transmembrane表示跨膜区，Transmembrane数值越大，表示该氨基酸在跨膜区的可能性越大；