重复序列过多，会增加基因合成的难度。利用该基因重复序列计算器，可以查找出序列中重复序列的位置，并计算出序列的退火温度。
重复序列是指在基因组中不同位置出现的相同或对称性片段。重复序列在基因组中广泛存在，按照重复单元的排列方式，可将它分为串联重复序列和散在重复序列两大类，串联重复序列就是重复单元首位相连，串联在一起的重复序列，串列重复序列在基因表达，调控和遗传等方面起着十分重要的作用；散在重复序列是以散在方式分布在基因组中的序列，共有四类：长散在重复、短散在重复、反转录病毒转座子和转座子。
大量实验证明，重复序列富含大量遗传信息，是基因调控网络的组成部分。同时，重复序列可以通过染色体的异染色质化而关闭基因表达，高等生物中很大比率的间隔序列和重复序列，往往呈异染色质化，是不表达的；而编码序列呈常染色质化，是表达的。因此，在基因重组研究中进行重复序列的分析是十分必要的。
其它常用序列分析工具：抗原决定簇预测(v1) 、GC含量计算 、多肽或蛋白序列属性计算器