稀有密码子：遗传密码子有64种，但是绝大多数生物使用密码子具有偏好性，倾向于利用这些密码子中的一部分。被最频繁利用的称为佳密码子，那些不被经常利用的称为稀有密码子。
稀有密码子的使用频率是影响重组表达水平的一个重要因素，利用稀有密码子计算工具可以计算出目标序列的密码子使用频率，并且显示密码子使用频率的分布情况。根据分析结果对序列进行优化，可以有效提高重组蛋白的表达水平。在进行重组蛋白表达前，了解序列中稀有密码子的使用频率、分布情况并对序列进行优化是十分重要的。
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分析结果以图表形式展现，结果中密码子得分越高，表示序列中该密码子使用频率越高；得分越低表示该密码子的使用频率越低。该稀有密码子分析工具同时也会对序列在宿主细胞的密码子适应指数进行分析，并将结果展示在图表下方。