密码子适应指数（CAI）是指编码区同义密码子与最佳密码子使用频率的相符程度，取值在0~1之间。CAI可以用来评估外源基因在宿主内的表达水平，CAI越高，则外源基因在宿主内的表达水平越高。
密码子适应指数分析工具的工作原理为：以高表达基因的序列为参考（参考序列），评估目的基因与参考序列的密码子使用频率相符程度。
如果分析得到的CAI很低，则基因在宿主细胞内的表达水平低，需要对目标序列进行密码子优化。
