抗体的保存方法一般会直接影响抗体的活性和使用效果。在保存得当的情况下，大部分抗体可以存放数月甚至数年，一般情况需严格按照抗体说明书来进行保存。
抗体保存温度和条件
① 抗体收到后，需在12000rpm离心1~5分钟，再打开管盖进行分装和保存，如果抗体体积不足50 ul，可延长离心时间至 5 分钟，从而确保抗体全部离心下来。
② 对于多数抗体而言，分装成小等份并冻存于-20℃或-80℃是最佳选择。腹水形式的产品收到后需立即冻存，因为该类产品含有大量的蛋白酶，长期在置于4℃条件会导致抗体的降解。
- 分装成小等份可最大程度减少由冻融造成的损伤，以及从单个试剂瓶中多次吸取而引入的污染。
- 小等份只需冻融一次，如有剩余，可将剩余物保存于4℃。小等份的量取决于实验人员在实验中通常采用的量。小等份应不小于10μl；等份越小，储液浓度因抗体蒸发及吸附于保存瓶表面而受到的影响越大。
- 抗体工作液应该当天配制当天用完，在4℃尽量不要超过1天。
③ 抗体的运输：一般选择4℃运输，避免了反复冻融对抗体活性的损害；如若选择干冰运输，收到抗体是冰冻的，分装时解冻，会增加一次冻融的过程，所以运输过程中尽量避免干冰运输。
特殊抗体保存条件
- 酶联抗体：保存在4℃，避免冻存以降低或丧失酶活性；
- 偶联抗体：需保存在棕色管或是用锡箔纸避光于4℃保存，荧光抗体对光敏感，操作时应严格避光；
- IgG3的同型对照：保存于4℃避免冻存，反复冻融会导致抗体变性，形成多聚体；
抗体保存注意事项
① 加入甘油：对于大多数抗体，可加入50%的甘油来避免反复冻融。甘油在-20℃可降低冰点，但不建议加入甘油的抗体保存于-80℃，该温度已经超过了甘油的冰点；
② 加蛋白保护剂：蛋白在高浓度时不易降解，正如有些抗体会加入BSA作为稳定剂的原因，同时加入蛋白也可减少抗体由于管壁吸附所造成的损失。但是如果抗体要用来标记的话，则不能加入蛋白稳定剂，因为这些稳定剂会和抗体一起竞争结合标记物。
③ 加入叠氮化钠：为了防止微生物污染，经常选择加入叠氮化钠到抗体中（终浓度 0.02% (w/v)）。但在下述情况中不能使用叠氮化钠：
- 抗体用于染色或处理活细胞，用于体内研究。叠氮化钠在抵抗微生物的同时，对其它大部分有机物也是有毒的，因为它阻断了线粒体的 细胞色素电子传递系统cytochrome electron transportsystem。
- 要偶联带有氨基的抗体。叠氮化钠会干扰任何含有氨基的偶联，因此在进行偶联之前，应将叠氮化钠去除。偶联后的抗体可以加入叠氮化钠保存，但是浓度只能是0.01％。对于需要偶联的抗体，硫柳汞 (merthiolate)可以替代叠氮化钠作为保护剂。
此外，如果需要去除叠氮化钠，可以通过凝胶电泳或过滤的方式（IgG 的分子量是 150kDa，叠氮化钠的分子量只有65Da），使用cut off 14kDa的滤膜即可将叠氮化钠从抗体中去除。